佛學院的創辦最初是為了阻止政府沒收寺院以改建成學校，假如佛教徒已自行將寺院用於教育用途，那麼政府就沒有理由再沒收寺院了。第一所佛學院是曹洞宗學者水野梅曉（Mizuno Baigyō 1877-1949）受天寧寺住持所託，於1903年在湖南長沙創辦。另一所更有影響力的佛學院—祇洹精舍，於1898年在南京由楊文會創辦，與金陵刻經處同址。楊文會辦校的靈感是來自斯里蘭卡佛教改革者達磨波羅（Anagārika Dharmapāla 1864-1933）的啟發，楊文會是在自英國返國途中與他結識的。達磨波羅來到中國，呼籲國際佛教團體支持他在印度所發起恢復佛教聖地的計畫。他還計劃組織復興佛教在印度的全球弘法行動。