10世紀末起，喀喇汗王朝東擴帶來伊斯蘭教，西域信仰進入層疊更迭期，這一轉變不是單向取代，而是文明交融的層疊結果。伊斯蘭教於10世紀末至 11世紀傳入喀什，逐步奠定主流地位。此後于闐、龜茲相繼伊斯蘭化，龜茲佛教至14 世紀徹底湮沒，但其文化基因仍隱性留存—喀什艾提尕爾清真寺便融合了中亞穹頂、尖拱與中原庭院布局，將佛教藝術元素化為深植土地的文化記憶。